بر این اساس، باکتری‌های پروبیوتیک موجود در محصولات خوراکی، نه تنها باید دارای مشخصه‌های عملکردی و سودمند برای سلامتی انسان باشند بلکه از قابلیت ماندگاری در دستگاه گوارش هم برخوردار باشند. این ویژگی‌ها شامل رشد و بقای ارگانیسم‌ها در روند تولید محصول، نگهداری، و پس از مصرف حین انتقال از معده به روده است. دوز پروبیوتیم مصرف شده عامل مهمی است که بر تراکم میکروارگانیسم موجود در بخش‌های مختلف دستگاه گوارش تاثیر می‌گذارد. پروبیوتیک‏‌ها همچنین قادرند اختلالات میکروبیوتای روده، پس از درمان آنتی‌‏بیوتیکی را به حداقل برسانند.